Artigo publicado no periódico apresenta o PatternLab for Proteomics, ambiente computacional para análise de dados proteômicos

Considerada uma das revistas científicas mais importantes, com fator de impacto 9.673, a Nature Protocols traz, em sua edição de janeiro de 2016, um artigo assinado por membros do Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas do Instituto Carlos Chagas (ICC/ Fiocruz Paraná). O trabalho descreve um ambiente computacional que viabiliza a análise de dados proteômicos. A proteômica é uma tecnologia que permite a identificação e quantificação de proteínas presentes em amostras biológicas complexas como, por exemplo, biópsias ou fluídos biológicos, que incluem sangue e saliva. Esses conhecimentos são fundamentais para o entendimento de doenças, para auxiliar no desenvolvimento por tratamentos mais eficazes – abrangendo o desenvolvimento de novos fármacos – e para o avanço nos diagnósticos.

O ambiente computacional que vem sendo desenvolvido no ICC é coordenado pelo pesquisador Paulo Costa Carvalho. “O ambiente, que chamamos de PatternLab for Proteomics (PL), passa continuamente por atualizações e inclusões de novos módulos com funções inéditas no campo. Atualmente, são oferecidos 15 módulos”, destaca o pesquisador.

Tema do artigo publicado na Nature Protocols, a versão 4.0 do PatternLab for Proteomics é fruto dos avanços do pesquisador juntamente com seus alunos na área. “Desde sua criação até hoje, o PL vem perpetuando-se por meio do trabalho de novos integrantes de nosso laboratório. Felipe Leprevost, por exemplo, contribuiu com um módulo que utiliza a inteligência artificial para tornar possível a análise do proteoma de organismos sem o genoma sequenciado. O doutorando Diogo Borges Lima, contribuiu com um módulo que permite auxiliar na caracterização tridimensional de proteínas, assim como na determinação de proteínas parceiras de interação. Já o aluno de iniciação científica, Marlon Dias Mariano, contribuiu com um módulo que permite realizar uma quantificação precisa de múltiplas condições biológicas analisadas em conjunto”, resume Paulo Carvalho.

Além desses módulos inéditos e mais sofisticados, o PL integra módulos que realizam análises rotineiras de plataformas proteômicas, mas sempre trazendo um diferencial perante as ferramentas existentes. A eficiência destes módulos já foi validada pela própria comunidade científica em centenas de experimentos e são utilizados amplamente em diversos laboratórios nacionais e internacionais. “Gostaria de destacar alguns grupos que utilizam esta plataforma e que julgo ser de destaque nacional e internacional pela sua atuação em proteômica,” ressalta o pesquisador. “Os grupos liderados pelos professores Gilberto Domont e Fabio Nogueira e o grupo do professor Francisco Campos da Universidade Federal do Rio de Janeiro e Universidade Federal do Cearé, respectivamente, na pesquisa de biocombustíveis; o grupo liderado pelo pesquisador Jonas Perales na Fiocruz Rio pelo seu trabalho em proteômica de toxinas, e pela pesquisadora Priscila Ferreira de Aquino, da Fiocruz Amazonas, que é uma das coautoras deste trabalho e utiliza a plataforma em sua linha de pesquisa de proteômica de tumores”.

O PatternLab é um ambiente computacional amplamente adotado. “No momento que alguém utiliza o PL, ele automaticamente verifica em nossos servidores se existem atualizações a serem realizadas; isso permite que tenhamos um quantitativo de sua utilização. Somente no mês de dezembro de 2015, entre os dias 1º e 18, registramos mais de 3.500 utilizações”, destaca Paulo. “Essa versão 4.0 só foi atingida graças ao retorno constante da sua grande base de usuários ao longo dos anos. Ele foi moldado pela própria comunidade científica. Acredito que, com essa magnitude de funções, sofisticação na interface gráfica, e eficácia nos resultados, não há nenhum na área”, comemora o coordenador do projeto. “A Nature Protocols somente publica protocolos de técnicas que já foram validadas e amplamente utilizadas pela comunidade científica. Portanto, o reconhecimento de um fórum de tanto prestígio sobre um trabalho que vem sendo desenvolvido na Fiocruz, é uma validação importante do trabalho surgido em nossa instituição”, finaliza Paulo Carvalho.

O PL 4.0 está disponível na web em www.patternlabforproteomics.org para livre uso acadêmico. Um vídeo demonstrativo da ferramenta em ação, com descritivo técnico está disponível no YouTube (http://goo.gl/eoEzBH).

Membros do Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas do Instituto Carlos Chagas (ICC/ Fiocruz Paraná)