O Programa de Gestão e Desempenho (PGD), conforme o Decreto n° 11.072/2022, é o instrumento de gestão que disciplina o desenvolvimento e a mensuração das atividades realizadas pelos seus participantes, com foco na entrega por resultados e na qualidade dos serviços prestados à sociedade.
A Presidência da Fiocruz publicou, no dia 16/10/2023, a Portaria nº 1015, que autoriza e institui o PGD na Fundação. O Programa da Fiocruz tem como diferenciais o foco na valorização do trabalho coletivo e a salvaguarda, a promoção e o monitoramento da saúde dos trabalhadores participantes. O formato final é fruto de amplo processo de debate institucional com intensa participação dos integrantes do Conselho Deliberativo.