Bioinformática aplicada a ciências ômicas

Linha de pesquisa

Abordagens multi-ômicas para desenvolvimento de dispositivos, softwares e outros ferramentas aplicadas em diagnósticos/prognósticos

Pacientes submetidos à neurocirurgia são susceptíveis à meningite pós cirúrgica (MPN). As MPNs podem ter diferentes agentes etiológicos, podendo ser causadas por bactérias ou por outros fatores (meningite asséptica). O diagnóstico precoce das MPN é essencial para o correto manejo dos quadros, resultando em melhor prognóstico e uso racional de antibióticos. O diagnóstico de MPN e a determinação do agente etiológico envolve avaliação clínica e exames laboratoriais, sendo as análises realizadas no líquido cefalorraquidiano (LCR) essenciais para o diagnóstico. As alterações no LCR após neurocirurgias podem assemelhar-se às alterações encontradas em MPN, tanto bacteriana, quanto asséptica, tornando o diagnóstico um verdadeiro desafio. Este projeto visa contribuir para o entendimento das MPNs, identificando por LC-MS/MS as proteínas presentes no LCR de pacientes apresentando diferentes tipos de MPN (bacteriana e asséptica). Além disso, a proposta visa um estudo prospectivo acerca do uso de LC-MS/MS na identificação das espécies bacterianas causadoras de MPN. Estes estudos têm o potencial de identificar biomarcadores que possibilitem a classificação das MPNs em tempo menor que as análises disponíveis, por exemplo, baseadas no cultivo microbiológico auxiliando no manejo mais adequado dos pacientes, como por exemplo, no uso racional de antibióticos.

Projetos e pesquisador responsável

  • Avaliação do perfil proteico do líquido cefalorraquidiano de pacientes com meningite hospitalar buscando biomarcadores diagnósticos.

 

 

  • Busca de biomarcadores associados ao diagnóstico e prognóstico em sepse.

Linha de pesquisa

Genômica de microorganismos aplicada ao estudo da resistência aos antimicrobianos

Os antibióticos revolucionaram a medicina nas décadas de 1930 e 1940, salvando milhões de vidas. No entanto, seu uso indiscriminado levou rapidamente ao surgimento das primeiras cepas de bactérias resistentes à penicilina em 1950. Nos 40 anos subsequentes, surgiram bactérias resistentes a todos os antibióticos disponíveis, tornando-se um problema mundial. De modo geral, a resistência bacteriana surge quando uma alteração no genoma, que pode resultar de uma mutação espontânea e/ou aquisição gênica, provoca alterações bioquímicas que modificam a concentração intracelular ou a afinidade do alvo pelo antimicrobiano. Essas mudanças no genoma criam a variabilidade genética sobre a qual a seleção natural atua, dando vantagens aos organismos mais aptos. Os medicamentos atuam como agentes seletivos, favorecendo as raras bactérias resistentes presentes na população. O sequenciamento de DNA de nova geração iniciou uma grande revolução na área da genômica e transcritômica de microrganismos. Na área de estudo da resistência a antimicrobianos a genômica se tornou uma ferramenta fundamental para descoberta de fatores de resistência, seja pela simples mudança de um nucleotídeo em um gene (SNP) ou mesmo aquisições de grandes ilhas genômicas e plasmídeos. Nosso grupo tem como objetivo a investigação dos mecanismos de resistência aos antimicrobianos, incluindo seu surgimento, evolução e disseminação, através de metodologias ômicas e ferramentas de bioinformática.

 

Projetos e pesquisador responsável

  • Investigação dos mecanismos de resistência a múltiplos antibióticos em Klebsiella pneumoniae pan-resistente utilizando abordagem multi-omics
  • Caracterização morfológica e molecular de vesículas extracelulares oriundas de bactérias resistentes a antibióticos do grupo ESKAPE
  • Estudo de fatores genéticos relacionados ao desenvolvimento de sepse: correlação entre severidade, patógeno e proteínas do sangue