Bioinformática aplicada a ciências ômicas

Linha de pesquisa

Abordagens multi-ômicas para desenvolvimento de dispositivos, softwares e outros ferramentas aplicadas em diagnósticos/prognósticos

Pacientes submetidos à neurocirurgia são susceptíveis à meningite pós cirúrgica (MPN). As MPNs podem ter diferentes agentes etiológicos, podendo ser causadas por bactérias ou por outros fatores (meningite asséptica). O diagnóstico precoce das MPN é essencial para o correto manejo dos quadros, resultando em melhor prognóstico e uso racional de antibióticos. O diagnóstico de MPN e a determinação do agente etiológico envolve avaliação clínica e exames laboratoriais, sendo as análises realizadas no líquido cefalorraquidiano (LCR) essenciais para o diagnóstico. As alterações no LCR após neurocirurgias podem assemelhar-se às alterações encontradas em MPN, tanto bacteriana, quanto asséptica, tornando o diagnóstico um verdadeiro desafio. Este projeto visa contribuir para o entendimento das MPNs, identificando por LC-MS/MS as proteínas presentes no LCR de pacientes apresentando diferentes tipos de MPN (bacteriana e asséptica). Além disso, a proposta visa um estudo prospectivo acerca do uso de LC-MS/MS na identificação das espécies bacterianas causadoras de MPN. Estes estudos têm o potencial de identificar biomarcadores que possibilitem a classificação das MPNs em tempo menor que as análises disponíveis, por exemplo, baseadas no cultivo microbiológico auxiliando no manejo mais adequado dos pacientes, como por exemplo, no uso racional de antibióticos.

Projetos e pesquisador responsável

  • Avaliação do perfil proteico do líquido cefalorraquidiano de pacientes com meningite hospitalar buscando biomarcadores diagnósticos.

 

 

  • Busca de biomarcadores associados ao diagnóstico e prognóstico em sepse.

Linha de pesquisa

Genômica de microrganismos

Klebsiella pneumoniae (Kp) é uma bactéria gram-negativa da família Enterobacteriaceae naturalmente encontrada no meio ambiente em plantas, solo e no tegumento e mucosas de animais. Nos humanos é um organismo comensal que habita comumente o microbioma gastrointestinal. O primeiro registro de uma Kp resistente a carbapenêmicos (KPC) foi em 1996 em um hospital na Carolina do Norte nos Estados Unidos e, desde então, ela já foi isolada em vários outros países, incluindo o Brasil. A Organização Mundial de Saúde apresentou em 2017 uma lista de organismos resistentes para os quais há pouco ou nenhum antibiótico disponível e, dentre essas, as estirpes de Kp tem prioridade crítica. Segundo dados da Organização Mundial da Saúde, a resistência a antimicrobianos (RAM) será a principal causa de morte em 2050 atingindo 10 milhões de pessoas, superando até mesmo as mortes decorrentes de todos os tipos de câncer, ao custo de 100 trilhões de dólares. Na área de bactérias resistentes, a genômica se tornou uma ferramenta fundamental de estudo e descoberta de fatores de resistência, identificando desde uma simples mudança de um nucleotídeo em um gene (SNP) até aquisições de grandes ilhas genômicas. Há, atualmente, 4.647 genomas de estirpes de Kp depositados no banco de dados Genbank, entretanto, apenas 5% deles estão completos. No que tange o transcritoma e o proteoma, os dados são ainda mais escassos, sendo que pouquíssimos trabalhos abordaram essas análises especificamente em estirpes resistentes. Já trabalhos com uma abordagem unificada, envolvendo genes, transcritos e proteínas são inexistentes. Tendo essa lacuna em vista, o objetivo desse projeto é estudar os mecanismos de resistência à antibióticos em Kp utilizando dados de genoma, transcritoma e proteoma.

 

Projetos e pesquisador responsável

  •  Investigação dos mecanismos de resistência a múltiplos antibióticos em Klebsiella pneumoniae pan-resistente utilizando abordagem multi-omics.