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Journal of Proteomics lança edição especial dedicada a proteômica computacional

Pesquisador do ICC, integrante do grupo de editores do periódico científico, é o idealizador da iniciativa

Integrante do seleto grupo de editores do Journal of Proteomics desde 2014, o pesquisador do Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas do Instituto Carlos Chagas (ICC/Fiocruz Paraná), Paulo Costa Carvalho, foi o idealizador da edição especial do periódico científico, publicada no mês de novembro, totalmente dedicada à Proteômica Computacional. Com um total de 18 artigos, a edição conta com a participação de grupos de pesquisadores da Alemanha, Brasil, Canadá, Cingapura, China, Dinamarca, Estados Unidos, Holanda , Inglaterra, Suécia e Suíça. O ICC/Fiocruz Paraná está representado em dois artigos de autoria de pesquisadores da unidade.

Paulo conta que foram nove meses de trabalho e que, assim que levou a ideia ao editor chefe Juan Calvete, ele prontamente a abraçou. “Um dos maiores desafios de coordenar uma edição dessas é ter que reunir os melhores especialistas do mundo e mobilizá-los. São grupos extremamente ocupados, mas estamos muito felizes com o resultado do esforço”, conta o pesquisador do ICC, que assina o editorial. “A edição especial traz contribuições de grupos consagrados como, por exemplo, o do pesquisador Peter Roepstorff, da University of Southern Denmark, do pesquisador John R Yates III, do The Scripps Research Institute, assim como de expoentes como Yasset Perez Riverol, do Euroepan Bioinformatics Institute em Cambridge, na Inglaterra”, destaca Paulo.

Ele explica que a proteômica permite a identificação e a quantificação simultânea de milhares de proteínas em uma amostra biológica, sejam elas tecidos, fluídos biológicos ou culturas de células. “Esse campo tem em sua origem a interdisciplinaridade por unir principalmente a biologia, química e a computação. Os biólogos trazem perguntas relevantes, os químicos criam as metodologias analíticas, viabilizando a geração de dados e, como esses dados são muitos, e oriundos de espectrômetros de massas, a ciência da computação é imprescindível para viabilizar o campo”, pondera.

Paulo ressalta a importância da espectrometria de massas dentro desse contexto. “O avanço nos espectrômetros de massas fez com que a geração de dados fosse difundida, entretanto, para se traçar novos rumos, apenas grupos interdisciplinares, ou seja, com especialistas em biologia, química, e computação é que estarão sujeitos as descobertas mais impactantes e desbravar novos rumos, enquanto os demais tendem a trilhar pelos mesmos passos”, esclarece.

Dentre os artigos publicados, o pesquisador destaca alguns. “Todos os trabalhos são de altíssimo padrão, é difícil destacar um, porém, relatarei sobre três. O primeiro, do Hao Chi et al., do grupo do pesquisador Si-Min He’s, do Institute of Computing Technology de Beijing, que descreve uma metodologia computacional denominada de “p-Find-Alioth”, que permite buscar por modificações pós-traducionais não antecipadas pelo pesquisador nos proteômicos. O segundo, de Guo Shou Teo, Hyungwon’s e colaboradores, da National University of Singapore, descreve um algoritmo de proteômica quantitativa aplicado a um novo paradigma de como se adquire dados no espectrômetro de massas”, descreve Paulo Carvalho. “Finalmente, destaco o trabalho do doutorando do Instituto Carlos Chagas, Fiocruz Paraná Diogo Borges, que torna público uma ferramenta computacional que permite identificar peptídeos covalentemente ligados e analisados por espectrometria de massas culminando em avanços na determinação de interação entre proteínas e auxiliando na realização de modelos estruturais proteicos”, finaliza o pesquisador. O artigo assinado pelo doutorando do ICC ganhou visibilidade em blogs importantes como News in Proteomics Research.

Acesse a íntegra da edição especial


Pesquisador do ICC Paulo Carvalho, foi o idealizador da edição especial do Journal of Proteomics

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